エルフ
巨大彗星「デリス・カーラーン」から地球に移住した、人間と同じサイズの異星人。耳が尖がっており、判別は容易。例外なく美しい容貌の持ち主。寿命も千年以上と長い。また、マナを紡ぐ力を持ち、そのマナで「魔術」を行使出来る。本作では、ユミルの森に集まり暮らしている。古代大戦時代からハーフエルフと不仲で、ハーフエルフが魔科学兵器の開発に協力したことに憤りを感じており、嫌悪を抱いているが、人間に対してはある程度友好的に接する。
ハーフエルフ
人間とエルフの間に生まれた者。混血第一世代のみを指す。外見・能力ともエルフに近いが、傾向として内面の性格は人間に近く、エルフと比べると闘争心が強い。人として積極性・好奇心とエルフとしての知性・魔力・寿命を併せ持つため、魔科学等の研究者として優れている。しかしそれゆえにか人・エルフの双方から差別されている。
ドワーフ
本作では人間より小柄な種族。手先が器用で、あらゆる品を創り出す能力に長ける。もはや希少種になってしまった。
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エクスフィア
宝玉を思わせる外見の増幅器だが、実は無機生命体で生きている。所有者の大半がディザイアン。肌に装着した者の遺伝子に着床後、日常で特に必要とされる能力を重点的に強化し、装着者を進化させる。また、人のみではなく、機械の動力源としても使用出来る。
エクスフィアの暗部の一つは、遺伝子への着床による「寄生」である。これを防ぐには要の紋が必要。さらに、鉱山から掘り出しても使えないエクスフィアは、増幅器として目覚めるための代償として人間の生命を奪う。
要の紋
ドワーフの持つ特殊技術で「抑制鉱石」を加工して作る、寄生抑制装置。エクスフィアの装備時、まじないを刻んだ要の紋を一緒につけることによって、寄生を防ぎ、増幅器としてのみの効果を得ることが出来る。
エクスフィギュア
要の紋を使わずに寄生させたエクスフィアをはがし、その人間の体内のマナを暴走させることによって、変異させた怪物。人間の2倍近い大きさになり、肌も毒々しい色に変化、目も単眼になる。筋力が異常に発達するが、人間としての理性や判断力はほぼ消失する。ユニコーンの力で治療可能。
体内のマナが低下した際、意識が戻ったり、本来の人間の姿に戻ったりする場合もある。
クルシスの輝石
進化した特殊なエクスフィア。別名ハイエクスフィア。エクスフィアの強化機能に加え、生命体の無機化や羽による飛行などが可能。長期間装着していると、自我が失われていく。また、ごく稀に「永続天使性無機結晶症」という体が結晶化する現象も起きる。神子であるコレットやゼロスが所持しており、ロイドが母の形見として使っているエクスフィアも、覚醒状態ではないもののクルシスの輝石である。
天使
古代大戦時に開発された技術の一つ。クルシスの輝石の力で体内のマナを用いて無機化し、身体の自然な成長を停止させる。天使化すると食事や睡眠などの生理機能が排除され、触覚も失われるが、視覚や聴覚は強化され、羽を使った飛行も可能。なお、デリス・カーラーンの都市「神聖都市ウィルガイア」に住むハーフエルフは、天使化の影響で「感情」を失っているが、レミエルの様な一部例外も存在する。この技術により、古代大戦の英雄であるミトスとユアン、クラトスは、四千年という途方もない時間を生き延びた。輝石をつけて天使化した者と品種改良で生み出された者がおり、前者は透き通った光の羽、後者は実体化した白い鳥の翼のような羽を持つ。さらに、前者は元の状態と無機生命体の状態を自由に変化させることが出来、羽の出し入れも可能。
永続天使性無機結晶症
百万人に一人の割合で発生する、クルシスの輝石の拒絶反応による病。数か月かけて外部を侵食し、その後の数か月で内部も結晶化し、最終的には死に至る。
治療法は、ルーンクレストを要の紋に装着すること。マナリーフとジルコン、マナのかけら、調合する術の触媒として使われるユニコーンの角が材料となる。
[世界再生
神子
マーテルの遺伝子情報に近い者として、表裏で繋がる繁栄世界と衰退世界の双方で1人ずつ選出された存在。衰退世界の神子は世界再生の旅に出るが、実際は、その旅自体が繁栄世界から衰退世界にマナを流動させ、量の比率を逆転させるもので、表が繁栄すればするほど裏は衰退の一途を辿ることになる。旅の過程の天使化により記憶や感情を失った神子は、試練の最終段階でマーテルのマナを流し込まれ、マーテルの器とされる。過去に再生の旅を完遂させた神子はいたものの、マーテルのマナとの不適合が原因で全員死亡しており、歴代の神子の中でマーテルの固有マナに最も近かったコレットだけが、マーテルとの同化後も生き延びた。繁栄世界の神子は旅には出ず、マーテルの遺伝子情報を絶やさないために婚姻統制するクルシスの監視下で、次の神子を生み出す役割を担っている。
繁栄世界・衰退世界
シルヴァラントとテセアラの2つの世界のうち、大いなる実りからマナが流れ込む世界は繁栄し、流れ込まない世界は衰退する。比率は神子の世界再生の旅によって逆転していく。約800年前からレネゲードによる衰退世界の神子の暗殺や神子自身の失敗が続き、旅が完遂されなかったため、長い間マナの逆転が起こらず、テセアラは異常繁栄、シルヴァラントは異常衰退に至っている。
その他
魔導注入
デリス・カーラーンにある鉱石アイオニトスを粉末状にして飲むことで、マナを扱えるようになり、エルフの血を引かない者でも魔術の使用が可能になる技術。本編ではクラトスとゼロスが受けている。
主題歌
GC版：『Starry Heavens』（6th single『moon gate』収録）
作詞：misono、作曲：鈴木大輔、編曲：五十嵐充、day after tomorrow/歌：day after tomorrow
オリコン最高2位
PS2版：『そして僕にできるコト』（9th single『lost angel』収録）
作詞：五十嵐充、作曲：鈴木大輔、編曲：五十嵐充、day after tomorrow/歌：day after tomorrow
オリコン最高4位
プレイステーション2版
2004年9月22日にプレイステーション2に移植された。以下に変更点を挙げる。
イベント時のアニメーション、称号、サブイベントやコスチュームなどが追加された。
没ボイスがなくなった。GC版にあったバグ、誤植が幾つか訂正された。反面、ロード時間が長くなった。
新たな特技、魔法が追加。GC版では一部のキャラしか使えなかった秘奥義がしいなを除く全キャラに追加。敵味方共に新規カットイン追加。
ユニゾン・アタック後の複合特技が多数追加、GC版にはなかったリーガルとの複合特技も追加された。
ユニゾンゲージがGC版よりも溜まり易くなり、ユニゾン・アタックを出し易くなった。
一部の処理落ち（サイクロンのエフェクトなど）が改善された一方で、フレームレートが60fps→30fpsに半減し、動きにGC版の滑らかさがなくなった（GCとPS2の性能差から、グラフィックが雑になった）。
スキットの際、表示ウィンドウがキャラの感情に呼応して動き、拡大縮小するようになった。
戦闘ボイスが一部遅れて再生される。
戦闘終了後にBGMが曲冒頭に戻るようになった（GC版は続きから演奏）。またゲーム開始時のデータ選択画面が無音になった（GC版はタイトル画面の曲が流れる）。
シルヴァラントベースのGCのオブジェが螺旋状の正方形に変更された。
アルタミラのカジノでミニゲームが出来るようになった。
ユニゾン・アタック時の1人あたりの入力時間が1秒から3秒に延び、1人ずつ残り時間ゲージを表示するなど、細部も改良された。
隠しダンジョンの名称が「魔界ニブルヘイム」から「禁書の記憶」に変更され、15フロアから20フロアに増加。幻影五聖刃と三英雄との戦いも追加された。
ブロックに触れても、動かせる状態を示すボタン表示が出難くなった。
術終了もしくは詠唱キャンセル後の硬直時間が増加し、術キャンセルを利用した無限コンボは出来なくなった。
一部のサブイベントも、細部に変更が加えられている。例として、GC版のフラノール雪見イベントでは好感度にかかわらずクラトスを選択可能だったが、好感度を上位3位以内にしなければ選択不可能となった。